Um für bestimmte Benutzer die Möglichkeit zu deaktivieren cronjobs einzurichten, reicht es die userid in die Datei /etc/cron.deny einzutragen.
$ cat /etc/cron.deny
thomas
Wenn der jeweilige Benutzer nun einen cronjob anlegen will, sieht er ungefähr folgendes:
$ crontab -e
You (thomas) are not allowed to use this program (crontab)
Sinn macht das besonders für z.B. www-data unter Debian/Ubuntu, falls der Eintrag dort noch nicht vorhanden ist.