Will man bei Rsync den kompletten Pfad einer Datei übertragen muss man die -R Option nutzen.
Ich übernehme mal das Beispiel aus der man page:
Der Befehl
rsync -av /foo/bar/baz.c remote:/tmp/
kopiert uns die Datei baz.c direkt unter /tmp auf remote.
Der Befehl
rsync -avR /foo/bar/baz.c remote:/tmp/
kopiert uns die Datei baz.c unter /tmp/foo/bar/ auf remote.
-R ist also nicht in -a enthalten. Für Verzeichnisse gilt das natürlich äquivalent.