Vorlon hat mich auf MKVToolnix aufmerksam gemacht.
aptitude install mkvtoolnix
und schon hat man ein nettes gui um Matroska Dateien zu editieren. Normalerweise scheue ich als Linuxuser eher alles was mit Video- und Audiobearbeitung zu tun hat, aber dieses nette Programmpaket tut genau das was es soll.